检测标准
检测对象
参数 / 项目
限制说明
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业微生物
活菌数
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业微生物
细菌全基因组序列
仅限于BGI平台微生物二代测序。
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业微生物
质粒丢失率
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业微生物
质粒保有率
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业细胞
支原体检查
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业细胞
无菌检查-细菌、真菌检查
只测: 细胞及细胞上清液（见《中国药典》（2025）<0234>）
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业细胞
细胞鉴别
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业细胞
细胞鉴别
2025年版《中国药典》 <9110>微生物全基因组测序技术指导原则
工业细胞
逆转录病毒检测
ANSI ATCC ASN-0002-2022 人类细胞系的身份鉴别：标准化的STR分析
工业细胞
细胞鉴别
CLSI M100-2025 抗微生物药物敏感性试验参考方法
工业微生物
药物敏感性
只测表2A-1肠杆菌目、表2A-2沙门氏菌属和志贺氏菌属E-Test
CLSI M27-2017 肉汤稀释法抗真菌（酵母）药物敏感性试验参考方法
工业微生物
药物敏感性
CLSI M38-2017 肉汤稀释法抗真菌（丝状真菌）药物敏感性试验参考方法
工业微生物
药物敏感性
不测皮肤真菌
CLSI M45--2015 苛养菌少见菌肉汤稀释法和纸片扩散法抗微生物药物敏感性试验参考方法
工业微生物
药物敏感性
不测表21，有潜在生物恐怖的细菌
EFSA 5206-2018 《饲料添加剂或生产发酵制品的微生物特性指南》2.2.1抗菌药物敏感性
工业微生物
药物敏感性
FMIC-QO01-001-2015 微生物学检测 细菌多相鉴定检测方法
工业微生物
细菌鉴定
依据: 1）《伯杰氏细菌学手册Bergey's Manual of Systematic Bacteriology》第二版；2）《原核生物名称名录 List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, LPSN》，只测3766个属（共20510种）。
FMIC-QO01-002-2015 微生物学检测 细菌16SrDNA鉴定检测方法
工业微生物
细菌鉴定
依据：1）《伯杰氏系统细菌学手册 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 第二版； 2）《原核生物名称名录List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature，LPSN》，只测3766个属（共20510种）。
FMIC-QO01-003-2015 微生物学检测 真菌多相鉴定检测方法
工业微生物
真菌鉴定
依据：1）《土壤真菌》第二版2007年；2）《真菌和食品污染》第三版2009年；3）全球生物目录https://www.catalogueoflife.org。只测161个属（共10697种）。
FMIC-QO01-004-2015 微生物学检测 真菌ITSrDNA鉴定检测方法
工业微生物
真菌鉴定
依据：1）《土壤真菌》第二版2007年；2）《真菌和食品污染》第三版2009年；3）全球生物目录https://www.catalogueoflife.org。只测161个属（共10697种）。
FMIC-QO01-005-2015 微生物学检测 酵母菌多相鉴定检测方法
工业微生物
酵母菌鉴定
依据：《酵母分类》第五版 2011年，只测149个属（共1500种）。
FMIC-QO01-006-2015 微生物学检测 酵母菌26S rDNA鉴定检测方法
工业微生物
酵母菌鉴定
依据：《酵母分类》第五版2011年，只测149个属（共1500种）。
FMIC-QO01-007-2015 微生物学检测 微生物菌种细胞壁化学组份薄层层析（TLC）检测方法
工业微生物
细胞壁化学组分（糖、氨基酸）
FMIC-QO01-008-2015 微生物学检测 微生物菌种醌组分高效液相色谱（HPLC）检测方法
工业微生物
醌组分
FMIC-QO01-011-2015 微生物学检测 微生物菌种脂肪酸气相色谱（GC）检测方法
工业微生物
脂肪酸
FMIC-QO01-012-2015 微生物学检测 微生物菌种极性脂薄层层析（TLC）检测方法
工业微生物
极性脂
FMIC-QO01-016-2017 微生物学检测 VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统鉴定检测方法
工业微生物
细菌VITEK鉴定
依据：《VITEK 2 Compact 全自动微生物分析系统标准化操作手册》 只测553种。
FMIC-QO01-017-2017 微生物学检测 细菌gyrB持家基因鉴定检测方法
工业微生物
gyrB基因鉴定
依据：1）《伯杰氏系统细菌学手册 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology》第二版 第三卷 芽胞杆菌属；2）《原核生物名称名录 List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature，LPSN》，只测芽胞杆菌属及其分类变迁菌种(共428种)。
FMIC-QO01-018-2017 微生物学检测 细菌pheS持家基因鉴定检测方法
工业微生物
pheS基因鉴定
依据：1）《伯杰氏系统细菌学手册》第二版 第三卷 乳杆菌属；2）《原核生物名称名录 List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature，LPSN》，只测乳杆菌属及其分类变迁菌种（共304种）。
FMIC-QO01-019-2018 微生物学检测 丝状真菌BenA基因鉴定检测方法
工业微生物
BenA基因鉴定
1）全球生物目录https://www.catalogueoflife.org；2）Houbraken J, Kocsubé S, Visagie CM, et al., Classification of Aspergillus, Penicillium, Talaromyces and related genera (Eurotiales): An overview of families, genera, subgenera, sections, series and species[J]. Studies in mycology, 2020, 95:5-169. 只测曲霉属（共537种）和青霉属（共524种）及其分类变迁菌属。
FMIC-QO01-021-2020 微生物学检测 细菌全基因组序列测定方法
工业微生物
细菌全基因组序列
仅限于BGI平台细菌二代测序。
FMIC-QO01-022-2020 微生物学检测 细菌平均核苷酸一致性（ANI）鉴定检测方法
工业微生物
细菌平均核苷酸一致性（ANI）
依据《伯杰氏细菌学手册Bergey's Manual of Systematic Bacteriology》第二版（在线），只测17302个种。
FMIC-QO01-023-2020 微生物学检测 细菌单核苷酸多态性（SNP）检测方法
工业微生物
细菌单核苷酸多态性（SNP）
FMIC-QO01-024-2020 微生物学检测 细菌抗生素耐药基因与毒力基因检测方法
工业微生物
细菌毒力基因
FMIC-QO01-024-2020 微生物学检测 细菌抗生素耐药基因与毒力基因检测方法
工业微生物
细菌耐药基因
FMIC-QO01-025-2022 微生物学检测 大肠埃希氏菌质粒拷贝数定量PCR检测方法
工业微生物
质粒拷贝数
FMIC-QO01-026-2022 微生物学检测 细菌纯度检测方法
工业微生物
细菌纯度
FMIC-QO01-028-2023 微生物学检测 大肠埃希氏菌质粒检查-限制性酶切检测方法
工业微生物
质粒检查
FMIC-QO01-029-2023 微生物学检测 细菌质粒产率检测方法
工业微生物
质粒产率
FMIC-QO01-030-2023 微生物学检测 真菌TEF1基因鉴定检测方法
工业微生物
TEF1基因鉴定
FMIC-QO01-031-2023 微生物学检测 有/无质粒细菌的比例检测方法
工业微生物
有/无质粒细菌的比例
FMIC-QO01-032-2023 微生物学检测 大肠埃希氏菌质粒拷贝数微滴式数字PCR检测方法
工业微生物
质粒拷贝数
FMIC-QO01-037-2024 微生物学检测 基于一代测序技术的质粒序列测定方法
工业微生物
质粒序列
FMIC-QO01-038-2024 微生物学检测 细菌目的基因核苷酸序列检测方法
工业微生物
细菌目的基因核苷酸序列
FMIC-QO01-039-2024 微生物学检测 真菌目的基因核苷酸序列检测方法
工业微生物
真菌目的基因核苷酸序列
FMIC-QO01-040-2024 细胞学检测 细胞短串联重复序列（STR）检测方法
工业细胞
细胞鉴别
FMIC-QO01-042-2024 微生物学检测 细菌噬菌体检测 双层平板法
工业微生物
细菌噬菌体检测
FMIC-QO01-043-2024 微生物学检测 微生物菌种溶血检测方法
工业微生物
溶血性
FMIC-QO01-045-2025 微生物学检测 微生物透射电镜检查-负染法
工业微生物
透射电镜检查
FMIC-QO01-047-2025 微生物学检测 酵母菌ITS rDNA鉴定检测方法
工业微生物
酵母菌鉴定
依据：1)《酵母分类》第五版 2011年；2）全球生物目录 https://www.catalogueoflife.org。只测160个属（共2700 种）。
GB 31615.2-2025 食品安全国家标准 食品用菌种安全性评价程序
工业微生物
丝状真菌动物致病性
GB 31615.2-2025 食品安全国家标准 食品用菌种安全性评价程序
工业微生物
细菌动物致病性
GB 31615.2-2025 食品安全国家标准 食品用菌种安全性评价程序
工业微生物
药物敏感性
GB 31615.2-2025 食品安全国家标准 食品用菌种安全性评价程序
工业微生物
酵母菌动物致病性
GB 4789.28-2024 食品安全国家标准 食品微生物学检验 培养基和试剂的质量要求
食品
培养基性能测试
GB 4789.34-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 双歧杆菌检验
食品
双歧杆菌计数
GB 4789.35-2023 食品安全国家标准 食品微生物学检验 乳酸菌检验
食品
乳酸菌计数
GB 4789.43-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 微生物源酶制剂抗菌活性的测定
工业微生物
抗菌活性
GB/T 33682-2025 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴别微生物方法通则
工业微生物
微生物MALDI-TOF快速鉴定
只测数据库中的细菌（共4059种）酵母菌（共219种）真菌（共42种）
ISO 23418-2022 食品链微生物学—细菌分型和基因组特性的全基因组测序—一般要求和指南
工业微生物
细菌全基因组完成图序列
T/CIFST 020-2024 食品用菌种检验 鼠李糖乳酪杆菌检验 PMA-qPCR法
食品
鼠李糖乳酪杆菌活菌数
T/CIFST 028-2025 乳酸菌产L/D-乳酸定量检测方法
食品
L/D-乳酸含量
保健食品原料用菌种安全性检验与评价技术指导原则-2020 附录B 保健食品原料用丝状真菌的致病性检验方法
工业微生物
丝状真菌动物致病性
农业农村部 农办牧[2021]43号 直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株鉴定及其安全性评价指南 附录F 发酵制品中生产菌株 DNA 检测方法
发酵制品
生产菌株DNA检测
农业部1485号公告-18-2010 转基因生物及其产品食用安全检测 外源蛋白质过敏性生物信息学分析方法
工业微生物
外源蛋白质过敏性分析
农业部2630号公告-16-2017 转基因生物及其产品食用安全检测 外源蛋白质与毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性生物信息学分析方法
工业微生物
外源蛋白质与已知毒性蛋白质和抗营养因子的氨基酸序列相似性分析
农办牧[2021]43号 农业农村部-直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株鉴定及其安全性评价指南 附录 E发酵制品中无生产菌株活细胞评价方法
发酵制品
生产菌株残留
国家卫生健康委员会 《关于桃胶等15种“三新食品”的公告》（2023年第8号） 2’- 岩藻糖基乳糖 附录A.4残留蛋白含量的测定
发酵制品
残留蛋白含量
国家食品安全风险评估中心 关于完善“三新食品”安全性评价资料要求的通知-2024 食品加工用遗传修饰微生物安全性评价申报材料要求（试行）附件2 食品加工用遗传修饰微生物产品中无活体生产菌株评价
发酵制品
生产菌株DNA检测
国家食品安全风险评估中心 关于完善“三新食品”安全性评价资料要求的通知-2024 食品加工用遗传修饰微生物安全性评价申报材料要求（试行）附件2 食品加工用遗传修饰微生物产品中无活体生产菌株评价
发酵制品
生产菌株残留